Строгино — водный район. Голубой цвет его флага символизирует и сами водные просторы, и исторически связанную с водой хозяйственную деятельность местного населения. Здесь не только протекает главная в Москве водная магистраль, но и раскинулось свое, уникальное «море».
Москва-река образует водную границу района от Спасских мостов и до пляжа № 3 на юго-западе лесопарка «Серебряный Бор». На Строгино приходится более 10 километров главной столичной реки. Столь большая протяженность связана с характером течения Москвы: близ МКАД она начинает особенно сильно петлять и образует крупные полуострова. По одной из версий, именно извилистое течение могло послужить причиной, по которой река получила свое имя. Достоверно происхождение древнего гидронима не известно, однако исследователи давно обратили внимание на литовское слово mazgas, которое означает «узел» и в контексте реки может отражать ее извилистость. В то же время в некоторых языках народов севера слово «маск» означает «поворот» или «изгиб».
Излучины реки выглядят очень живописно, однако судоходство эта красота усложняет. Поскольку транспортные проблемы растущему городу совершенно ни к чему, человеку пришлось хорошо поработать над природой. Так и образовался Строгинский залив, широчайший в Москве — примерно 2 км с запада на восток и 1,2 км с севера на юг. Залив расположен на месте правобережной поймы Москвы-реки, то есть в той части ее долины, которая затоплялась во время паводков или в половодье. Так было до тех пор, пока течение реки не зарегулировали с помощью плотин. В самой пойме сохранялись старицы Москвы, а в 1930-е годы заключенные ГУЛАГа выкопали огромный песчаный карьер. Его-то и затопило — уровень воды в реке поднялся после постройки Карамышевской плотины. Сейчас Строгинский залив имеет аккуратную округлую форму и небольшую среднюю глубину в 5 метров (местами до 30 метров). Его со всех сторон окружают прекрасные природные территории: Щукинский полуостров, Строгинский мыс и оставшаяся часть Строгинской поймы. С Москвой-рекой южную часть Строгинского залива соединяет небольшой пролив, через который можно попасть в довольно узкий и вытянутый Чистый залив. Характерная форма этого залива выдает в нем старицу главной столичной реки.
Еще один грандиозный водный объект проходит как бы по касательной к территории района. На северо-восточной границе Строгино до Москвы-реки после долгого пути по каналу имени Москвы добираются волжские воды. Современное название канал получил не сразу, а только в 1947 году — переименование было приурочено к 800-летнему юбилею столицы. Ранее с момента открытия 15 июля 1937 года водная магистраль называлась «каналом Москва — Волга им. И. В. Сталина». Канал — сооружение грандиозное. При общей протяженности в 128 километров он имеет 8 шлюзов. Два из них расположены на его южном склоне, который как раз и примыкает к Москве-реке близ Строгино. Это хоть и самый короткий участок канала (всего 3 километра), но на нем наблюдается значительный перепад высот — 36 метров! Интересен он и с технической точки зрения — межшлюзовой бьеф (участок между шлюзами) эффектно проходит над Волоколамским шоссе по насыпи.