Нагатинский Затон расположен, пожалуй, на одном из самых живописных участков течения Москвы-реки. Большая часть района протянулась по её правому берегу, повторяя крутые изгибы течения. При этом естественный облик району придаёт не только водная граница, но и обширный парк, в границах которого сохранились небольшие реки и пруды.
За свою историю территория района изменилась довольно сильно, причём серьёзные преобразования трансформировали не только берега, но и само течение Москвы-реки. Эта местность долгое время не входила в состав территории столицы — на месте современного района располагалось несколько поселений: Новинки, Нагатино, Коломенское и Дьяково (по ходу течения Москвы-реки). Несмотря на то что административно к Москве эти земли присоединили только в 1960 году, строительные работы начались ещё в ранних 30–х годах XX века. Только вот связаны они были не с созданием крупного жилого района, а с исправлением течения Москвы-реки.
Главная столичная река, особенно в черте Москвы, имеет одну очень яркую особенность — извилистое течение. Одна из крупнейших излучин Москвы-реки как раз огибает территорию Нагатинского Затона, как огромная петля. Такие сильные изгибы реки, или меандры, особенно хорошо выражены в пределах МКАД. Стоит просто взглянуть на карту и сравнить между собой две цифры: расстояние от входа Москвы-реки внутрь МКАД до места выхода за пределы кольцевой по прямой всего 34 километра, в то время как длина реки на этом участке составляет все 80 километров. И если с природной точки зрения излучины делают местность только живописнее, то в практическом плане они лишь осложняют судоходство. Уже в самом начале прошлого столетия Москва-река с трудом удовлетворяла базовые потребности города в воде и не справлялась со своей транспортной функцией. Ситуация заметно ухудшилась на исходе первой трети XX века, когда на фоне стремительного развития промышленности практически удвоилась численность населения столицы. Водные проблемы Москвы решало строительство канала Москва — Волга, часть гидротехнических сооружений которого вошла в состав гидроузлов на самой Москве-реке.

Нагатинская набережная, 2021 год
К современной территории района примыкает два спрямления: Нагатинское и Перервинское. Их строительство заметно сократило водный путь и сдвинуло течение Москвы-реки. Старое русло проходило по затону Новинки, к которому сейчас выходит территория ЗИЛ, дальше через Кожуховский пруд, а затем по Кожуховскому затону и акватории Южного речного порта подбиралось к району Печатники. Там, как и сейчас, Москва-река поворачивала строго на юг. Новое русло было проложено по цепочке старичных озёр, образованных на месте ещё более древнего русла главной столичной реки. Интересно, что если мы спроецируем деревни Новинки и Нагатино на современную карту района Нагатинский Затон, то первая окажется на Нагатинской набережной у одноимённого моста, а вторая — на той же набережной, но ближе к Судостроительной улице. Однако исторически оба населённых пункта располагались как раз на старичных озёрах, то есть в стороне от течения Москвы-реки.
Эти узкие и вытянутые озёра находим на картах Москвы и её окрестностей XIX и начала XX веков. Таким образом можно восстановить и их прежние названия. На память о древнем течении Москвы-реки оставалась цепочка из четырёх водоёмов. На месте верхней части Нагатинского спрямления находились озёра Радино (Ратное), Малое и Ближнее (видимо, по отношению к Новинкам). Нижняя часть спрямления и отходящий от него Нагатинский затон (заводь) проложены на месте Нагатинского озера. Уровень воды в озёрах не был постоянным и мог меняться в зависимости от времени года. Это сказывалось на их размерах и форме — временами они и вовсе могли объединяться друг с другом.
Летом 1937-го было закончено строительство основных объектов канала Москва — Волга. Волжские воды наполнили сильно обмелевшую к тому времени Москву-реку. Вместе с рекой значительно увеличились и нагатинские озёра, превратив луга между ними и основным руслом в крупные острова. Само спрямление обрело современный вид значительно позже — судоходство по каналу открыли в 1968 году. Второе спрямление — Перервинское — расположено ниже по течению Москвы-реки и входит в состав Перервинского гидроузла, вместе с плотиной, ГЭС и судоходными шлюзами. Выходит, что Москва-река и до строительства канала Москва — Волга с его многочисленными сооружениями и сама неоднократно меняла своё течение, вот только делала она это в соответствии с законами природы, а не подстраивалась под нужды растущего города.
В отличие от северной части района Нагатинский Затон, почти полностью отведённой под жилую застройку, южная часть является уголком природы. Тут находится музей-заповедник «Коломенское», на территории которого можно найти сохранившиеся естественные водные объекты.

Открытие нового русла Москвы-реки в районе Нагатина. Фото Ю. Артамонова, 1968 год // Перервинская плотина и гидроузел, 2019 год
Один из таких объектов — река Жужа. Это небольшой правый приток Москвы-реки, её устье можно обнаружить на севере парка Коломенское, немного ниже Перервинского гидроузла. Современная длина реки не менее 5 километров, но несмотря на скромные размеры, начинается она за пределами парка и района. Исток Жужы находится в районе пересечения Болотниковской улицы и Симферопольского бульвара (Москворецкий рынок, Нагорный район). Правда, сейчас её верхнего течения на поверхности мы не найдём: как и многие малые реки столицы, Жужа по большей части спрятана в подземный коллектор, а её постоянное течение подпитывается сточными водами. Впрочем, сам коллектор проложен практически по её утраченной долине. От истока река текла вдоль Симферопольского бульвара, а у Нахимовского проспекта сворачивала на восток. Дальше её подземное течение последовательно проходит под Варшавским шоссе, железнодорожными путями МЖД Павелецкого направления и Каширским шоссе, после чего, рядом с НИИ химии и механики, Жужа появляется на поверхности. Её русло на этом участке глубоко врезано, можно обнаружить и частично сохранившийся небольшой правый приток — Савкин Овраг.
Извилистое течение Москвы–реки могло послужить причиной, по которой и город, и река получили свои имена. Гидроним «Москва» используется с давних времён, но, как это часто бывает с древними названиями, его происхождение достоверно не установлено. Между тем одна из версий связана как раз с петляющим течением реки. Например, исследователи обратили внимание на литовское слово mazgas, которое означает «узел» и в контексте реки может отражать извилистость. В то же время в некоторых языках народов севера слово «маск» означает «поворот» или «изгиб».
К сожалению, окружающая территория не облагорожена и сильно замусорена. Открытый участок длиною немногим более километра заканчивается перед улицей Садовники. Нижний подземный участок реки проходит практически по дуге к югу от станции метро «Коломенское», вдоль улицы Новинки и улицы Жужа. Перед самым впадением в Москву-реку Жужа второй раз ненадолго появляется на поверхности. Этот участок не более 200 метров в длину разительно отличается от первого — на территории музеязаповедника «Коломенское» Жужа свободна от мусора, её берега укреплены камнем, а перебраться через речку можно по аккуратным мостикам. Колорита добавляет деревянная водяная мельница, созданная по образцу XIX века, — подобные сооружения в те времена можно было повстречать в окрестностях села Коломенского.
Кроме реки Жужи, на территории парка можно найти Голосов ручей, который протекает по одноимённому живописному оврагу. Совсем небольшой водоток (менее километра) служит украшением парку и излюбленным местом для прогулок. Его питание поддерживают многочисленные родники, на левом берегу в низовьях расположены небольшие декоративные Коломенские пруды, а перед самым устьем на ручье создан искусственный водопад.