Природа Крылатского уникальна. Неудивительно, что часть здешней экскурсионной программы посвящена именно природным памятникам. Самый известный из них — Крылатские холмы.
Памятники природы
Ландшафтный заказник «Крылатские холмы» имеет площадь около 175 гектаров, его максимальная высота — 60 метров. Он расположен на северо-западном выступе Теплостанской возвышенности на берегу реки Москвы. Территория заказника покрыта оврагами: Татаровским (он же «Каменная Клетва») и Каменными Заразами. Уже в одних названиях чувствуется буйство и непослушание природы, которая, что бы с ней человек ни делал, всегда возьмёт своё. Впрочем, ничего страшного в этих названиях нет. Просто они очень древние, а потому непривычные. Словом «зараза», например, в далёком прошлом называли крутой склон, покрытый зарослями.
При этом природа щедра, и в оврагах со столь страшными названиями бьют чистейшие родники, один из которых даже считается чудотворным, помогающим при головной боли, гипертонии и даже психических заболеваниях. Якобы двести лет назад на этом месте была найдена Рудненская (от слова «рудник» — так в древности называли святые источники) икона Божией Матери. До революции над источником стояла часовенка, в которой и находилась эта икона.

О Рудненской иконе есть легенда… В 1936 году одна из здешних женщин, убеждённая и воинствующая атеистка, сломала икону и сожгла её. Как говорят, в Великую Отечественную войну на Крылатское была сброшена единственная бомба. Но она не взорвалась, а всего лишь разрушила стену одного дома, под которой погибла та самая женщина.
Овраг же, в котором находится святой источник, называется Татарским или Татаровским — некогда здесь находилась деревня Татарово. Он же, как мы уже писали, носит название «Каменная Клетва», притом происхождение наименования неизвестно. Вероятнее всего, от слова «клетка». Но при чём тут клетка — совершенно непонятно. Всего в овраге целых три родника — уже упоминавшийся родник Рудненской Божией Матери, собственно родник «Каменная Клетва» и так называемый Маленький.
А вот и овраг «Каменные Заразы». Альтернативные названия его — Кладбищенский, Попов овраг и Поповский овраг. Это и неудивительно, ведь рядом был погост и стоял храм, в котором, как нетрудно догадаться, служили попы. В овраге протекает малая река, правый приток Москвы-реки.
На здешних лугах проживают кроты, хорьки, зайцы и ласки. Возможно, живут и русалки, но мы их не видели. Летают жаворонки, трясогузки и коростели. По ночам ухает ушастая сова, благодаря своим треугольным торчащим ушам больше напоминающая не сову, а летающую кошку. Вот только мяукать она не обучена. Попадаются редкие виды шмелей — но это для особых ценителей.

Ландшафтный заказник «Крылатские холмы» является частью природно-исторического парка «Москворецкий». Это самый большой природно-исторический парк нашего города, его территория составляет 3660 гектаров. Помимо Крылатских холмов в него входят Щукинский полуостров, Серебряный Бор, Серебряноборское лесничество, Строгинская пойма, Кировская пойма, Филёвский парк и Мневниковская пойма.
На Крылатских холмах нет кафе, ресторанов, магазинов и даже скамеек. Здесь главное — воздух, природа. Побродить, подышать, помечтать. Полюбоваться видами Москвы (правда, они тут на любителя — всё больше Москва современная, отстроенная за последние годы). Ну и воды святой набрать, куда ж без этого.
Даже не верится, что Крылатские холмы искусственного происхождения. Их насыпали в процессе подготовки к Олимпиаде-80 в качестве зелёного гарнира к велотреку.
Впрочем, последнее обстоятельство сейчас сделалось инструментом нехорошей игры. Сторонники жилой застройки на холмах называют их «горой строительного мусора», а некоторые опровергают сам факт рукотворности. Скорее всего, часть холмов была здесь изначально, а часть появилась во время строительства трека. В любом случае современная московская экология не настолько хороша, чтобы разбрасываться такими подарками судьбы, будь они природного или же антропогенного происхождения.

Археологические памятники
Разумеется, тут есть и археологические памятники: селище XVII века, некрополь XV века (сохранилось восемнадцать надгробий валунов), Крылатский курганный могильник. Первое селище находится на западе от церкви, на том месте, где ещё недавно доживало свои годы старое село, между кладбищенской улицей и велотреком. Оно датировано XVII столетием.
Второе селище расположено на возвышении между двумя оврагами — Поповым и оврагом Святого колодца. Раньше здесь была улица Горка. Это селище датировано XVI веком.

В сорока метрах к западу от колокольни находится некрополь. Кладбище имеет размеры 100×75 метров. Оно присутствует на топографической карте Москвы и окрестностей 1852 года.
Последний же археологический памятник — Крылатский курганный могильник. Этот памятник впервые был описан после Великой Отечественной войны, в 1947 году. Находился могильник в 340 метрах юго-восточнее храма, чуть ниже оврага Святого колодца. К сожалению, он был частично разрушен, когда возводили лыжный спуск и подъёмник. Грунт подняли но восемь метров. Наиболее точное место могильника указывает старый дуб у подножия холма.