С парком Тимирязевской академии связана знаменитая и жуткая история. В одном из гротов, оставшихся ещё от времени Разумовских, члены организации «Общество народной расправы» убили студента Иванова.
26 ноября 1869 года в газете «Московские ведомости» появилась небольшая заметка из полицейской хроники.
«Нам сообщают, что вчера, 25 ноября, два крестьянина, проходя в отдалённом месте сада Петровской Академии, около входа в грот заметили валяющиеся шапку, башлык и дубину, от грота кровавые следы прямо вели к пруду, где подо льдом виднелось тело убитого, опоясанное чёрным ремнём и в башлыке. <…> Тут же найдены два связанные верёвками кирпича и ещё конец верёвки».
Сама по себе история загадочная и кровавая. Но потом она превратилась в совсем инфернальную. В конце декабря 1870 года московское, а за ним и столичное общество ошарашено: выяснилось, что убийство — это не рядовой грабёж, а результат деятельности революционной организации под названием «Общество народной расправы» и её лидера Сергея Нечаева. В середине декабря полиция установила связь между революционерами и убийством. Это, в общем-то, было не так сложно. Сначала выяснилось, кто погиб — студент Петровской сельскохозяйственной академии с неправдоподобно неброским именем Иван Иванов. Студент состоял под наблюдением полиции после недавних волнений, потому делом занялся шеф губернского жандармского управления Слезкин. Но были и более очевидные приметы. Убийцы завернули тело в пальто ещё одного студента, Алексея Кузнецова. Более того, забыли в пальто документы Кузнецова. Тем временем полиция провела обыск у одного из лидеров «Народной расправы» Петра Успенского, где нашла архив общества, в котором оказались фамилии и Кузнецова, и Иванова. Даже не ниточка, а настоящий якорный канат вывел расследование к Сергею Нечаеву, демонической фигуре, автору «Катехизиса революционера» и одному из организаторов студенческих беспорядков в Петербурге и Москве.
«Нечаевское дело» побудило Ф. М. Достоевского написать роман «Бесы» (1871).
«Неизвестно для чего и когда, в незапамятное время, устроен был тут из диких нетёсаных камней какой-то довольно смешной грот. Стол, скамейки внутри грота давно уже сгнили и рассыпались. Шагах в двухстах вправо оканчивался третий пруд парка» — так в «Бесах» описывает грот Достоевский. К началу расследования писатель вернулся из Европы в Москву и следил за газетными сводками. Сцена убийства Шатова в романе довольно близко передаёт реальные обстоятельства преступления. Иванов противился новым беспорядкам, потому Нечаев рассказал своим товарищам, что студент якобы сотрудничает с полицией. Нечаев взял с собой Кузнецова и бывшего тюремного надзирателя Николая Николаева. Затем к ним присоединились (не зная о замысле лидера) Успенский и немолодой литератор Иван Прыжов. Иванова заманили в грот (якобы там хранился типографский станок), а потом стали убивать. Студент сопротивлялся, его оглушили камнем, а Нечаев добил жертву выстрелом из револьвера Николаева. После этого тело дотащили до пруда, привязали груз и бросили под лёд.
Судебный процесс начался лишь через полтора года, летом 1871-го, и длился две недели. Подсудимых было не четверо, а 87. Судили всех сразу — и убийц, и революционеров, и просто сочувствующих. Кроме Нечаева — он успел скрыться за границей. Защищала обвиняемых большая команда адвокатов, в том числе знаменитый Владимир Спасович. Процесс развалился на две не связанные друг с другом части: убийства никто не отрицает, наказание за него должно последовать — но при этом политическая часть перетягивает на себя внимание. Газеты беснуются, негодуют, что адвокаты выставляют подсудимых несчастными, романтически настроенными, запутавшимися молодыми людьми, между тем как должны, по мнению прессы, обличать нигилизм. Адвокаты же тем временем уверенно доказывают, что всех, кроме убийц, судить не за что. В итоге все четверо участников убийства отправились на каторгу, ещё нескольких осудили за листовки. Остальных оправдали. Нечаева же выдала России в 1872 году Швейцария, где он скрывался. Его также осудили и отправили в Петропавловскую крепость, где тот и умер от болезни. А тот самый грот, где убили Иванова, давно утрачен — он развалился в 1890-е годы.
